보건의료노조는 공공연맹의 이번 가입 승인 결정에 대해 “지난 2005년 6월과 최근 2006년 1월10일 두번에 걸쳐 승인 불가를 간곡히 요청했으며, 민주노총 중집에서도 가맹 승인 결정을 재고하라는 조직적 권고를 한 바 있다”면서 “이런 충고와 흐름에도 불구하고 공공연맹이 기업별 집단탈퇴를 결의한 지부 승인 문제를 졸속 강행 처리한 것은 비판받아 마땅하다”고 밝혔다.
특히 보건의료노조는 공공연맹에 대해 “이런 식의 양적 확대가 공공연맹 조직 강화에 얼마나 도움이 되는가”, “ 지금 논의하고 있는 (공공연맹) 산별노조는 도대체 어떤 산별노조를 지향하고 있는가”라고 따져 물으며, “공공연맹이 노동운동의 '원칙' 준수와 더 큰 틀로의 '통합' 을 주장하면서 뒤에서는 원칙을 무시하고, 단결을 파괴하고, 조직간 최소한의 신의를 깨뜨리는 행위를 서슴지 않고 있다”며 강경한 어조로 비난했다.
또한 “탈퇴 결의 지부에 대한 공공연맹의 가입 승인 논리는 너무 궁색하고 아전인수격”이라고 지적한 보건의료노조는 ‘시기’와 ‘절차’ 문제에 대해서도 유감을 표명했다. “공공연맹 위원장 부재 중에, 굳이 민주노총 선거를 앞둔 미묘한 시점에서, 특히 올해 출범한 (보건의료노조) 4기 지도부가 대통합에 나서겠다고 의지를 밝히고 있는 상황에서, 보건의료노조 신임 지도부와 단 한마디 사전 논의도 없이 급하게 밀어붙였다”는 게 그것이다.
보건의료노조는 공공연맹에 대해서 가입 승인 철회 및 공식 사과를 요청하는 한편, 민주노총에서도 ‘산별노조의 조직운영과 민주노총 가입 원칙에 대해 명확한 입장을 세우고, 권고사항 이행 관련 공공연맹에 대한 조직적 조치를 즉각 취할 것’을 촉구했다.