26일 연구원과 연구위원협의회에 따르면 노동연구원은 국회 정무위원회 국정감사가 끝난 다음날인 지난 23일 연구원 운영규정 개정안을 발표했다. 개정안은 연구위원 중에서 원장이 지명하던 각종 위원장 지명 방식을 바꿔, 원장이 위원장을 하거나 위원장이 지명하도록 했다. 원장이 요청하거나 필요하다고 인정할 때, 또는 위원 2인 이상의 서면요청으로 위원회의를 소집하던 규정을 바꿔 원장만이 할 수 있도록 개정했다.
특히 모든 위원회의 의결기능을 삭제했다. 연구의 객관성과 공정성 보장이 우려되는 내용도 개정안에 포함됐다. 연구원은 또 연구심의평가위원회 위원장 선출시 각 본부장을 제외시켰던 기존 내용을 삭제하고 원칙적으로 해당 연구본부장이 위원장을 맡도록 했다.
연구원이 지난해 국무총리실 산하 경제인문사회연구소에 보고한 자체평가 연구결과서에는 “공정성 확보를 위해 각 본부장을 위원장 지명대상에서 제외한다”고 명시돼 있다. 연구위원협의회는 이날 성명을 내고 “박기성 원장이 자신의 권한을 더욱 강화하고 연구의 자율성과 중립성을 침해하는 방향으로 운영규정을 개정했다”며 “국정감사에서 잘해 보겠다는 원장의 약속은 거짓이었다”고 비판했다.