민주노총은 15일 성명에서 "정상회담의 성과가 앞으로 평화군축, 통일의 걸림돌인 법제도 제거, 신자유주의반대 남북공조 실현 등을 위한 실천방안으로 나아가길 기대한다"며 "김대중정부는 남북화해에 발맞춰 국가보안법을 철폐하고 양심수 석방, 장기수 출신 인사들의 북송, 자유로운 통일논의 보장 등을 실현해야 할 것"이라고 밝혔다.
민주노동당도 관련 성명에서 "현행 국가보안법에 따르면, 반국가단체의 수괴인 김정일 국방위원장을 직접 찾아가 감격의 악수를 하고 민족의 운명을 논의한 김대중 대통령은 어떻게 되는가, 김정일 국방위원장을 조금이라도 칭찬한 언론은 고무·찬양의 혐의에서 자유로울 수 있는가"고 반문하면서 "정부와 정치권은 즉각 이 질문에 답을 해야 할 것"이라고 지적했다.
시민단체들 역시 남북공동선언을 환영하면서도 국가보안법 개폐를 정부 당국에 촉구했다.
참여연대는 "북한을 이적단체로 규정하고 있는 국가보안법 등 남북간 화해를 가로막는 법제를 개정하고 화해와 교류를 촉진시키는 법 제정 등의 후속조치를 진행해야 할 것"이라고 지적했다.
경실련 통일협회는 "남북은 이번 합의내용을 조속히 실천하기 위한 의지를 다져야 할 것"이라며 "우리 정부는 국가보안법을 비롯한 남북간의 화해와 협력을 가로막는 법의 개폐를 서두르고 우리사회의 냉전적인 요소들을 과감히 청산해야 한다"고 주장했다.
한편, 지난 15대 국회 때 집권 민주당은 국가보안법의 부분 개정을 추진했으나 자민련과 한나라당의 반대에 부딪혀 무산됐었다.