노사는 △직원의 고용안정 보장 △직원의 타 직종 전직은 2006년 2월부터 운영중인 인사제도개선위원회(노사 각 5인)의 협의에 따라 추진하고 직렬간 통합은 노조와 합의 없이 시행하지 않는다 △근로시간 단축으로 인한 신규인력 채용은 2006년 6월 중 공고 △공사는 직원의 견문을 넓히고, 자신감 고취와 공사 경쟁력 제고를 위해 2006년 상하반기 200명을 선발해 선진국 지하철 견학 실시 △공사는 직원과 그 가족의 삶의 질 향상을 위해 선택적 복지제도 도입을 위해 노사 동수(각 3인)의 복지위원회를 구성해 논의 △공사는 직원의 건강증진을 위해 산업안전보건위원회 전담소위원회를 노사 동수(각 3인)로 구성해 치과진료 지원(병원 개설, 방문진료, 지정병원 지정 등) 방안 등을 종합적으로 논의 등에 합의했다.
노조는 또 해고자 복직 문제와 관련해서도 전향적인 검토와 조치를 요구했고, 공사로부터 가능하면 적극 검토하고 수용할 수 있도록 최대한의 노력을 다하겠다는 답변을 받았다고 밝혔다.
한편 공사의 일방적인 직제개편 철회를 요구하며, 본사 임원실 점거농성을 벌이고 있는 노조는 "현재까지 공사는 노조가 3차례나 보낸 공문에 대해 여전히 단체교섭 사항이 아니라며 '모르쇠'로 일관하고 있다"며 "이번 정기노사협의회를 통해 고용에 대한 불안을 일정 정도 불식시켰지만 구조조정의 시발점이 될 수 있는 직제개편의 문제점은 여전히 존재하고 있다"며 투쟁을 지속할 방침이다.