특히 최근 국가인권위원회법 개정을 통해서 고용관계를 포함한 광범위한 영역에서 평등권 침해의 차별행위에 대하여 국가인권위원회에 진정할 수 있는 제도가 신설되는 한편, 기존 남녀고용평등법상 분쟁에 대한 조정기구인 고용평등위원회가 폐지되고 관련 업무가 국가인권위원회로 이관되는 등, 노동분쟁의 조정 및 해결에 있어서 국가인권위원회의 역할이 대폭 확대되었다.
국가인권위원회의 조사 및 시정조치의 대상이 되는 차별행위 중 고용과 관련된 차별행위는 합리적인 이유 없이 성별, 종교, 장애, 나이, 사회적 신분, 출신지역·국가·민족, 용모 등 신체조건, 혼인 여부, 임신 또는 출산, 가족형태 또는 가족상황, 인종, 피부색, 사상 또는 정치적 의견, 전과, 성적 지향, 학력, 병력 등을 이유로 하여 고용(모집, 채용, 교육, 배치, 승진, 임금 및 임금 외의 금품, 자금 융자, 정년, 퇴직, 해고 등)과 관련하여 특정인을 우대·배제·구별하거나 불리하게 대우하는 행위로 광범위하게 정의하고 있다(국가인권위원회법 제2조4호가목).
인권침해나 차별행위를 당한 사람(피해자) 또는 그 사실을 알고 있는 사람이나 단체는 위원회에 그 내용을 진정할 수 있다(국가인권위원회법 제30조). 단, 노동위원회가 판정권한을 가지고 있는 부당해고나 부당노동행위의 구제와 같이 진정의 내용이 다른 법률에 정한 권리구제 절차에 따라 권한을 가진 국가기관에 제출하고자 하는 것이 명백한 경우에는 지체없이 그 진정을 그 다른 국가기관에 이송하여야 한다(국가인권위원회법 제33조 제1항).
국가인권위원회는 진정에 관한 조사를 위하여 당사자 및 관계인에 대한 진술청취 및 출석 요구 또는 진술서 제출 요구, 조사사항과 관련된 자료 등의 제출 요구, 관련된 장소·시설·자료 등에 대한 실지조사 및 감정, 관련 사실 또는 정보의 조회 등을 할 수 있다(국가인권위원회법 제36조 제1항).
국가인권위원회는 조정위원회를 구성하여 당사자의 신청이나 직권으로 진정에 대한 조정절차를 시작할 수 있고, 조정절차 중 당사자간 합의가 이루어지지 않는 경우에는 조정에 갈음하는 결정을 할 수 있는데, 이러한 결정은 ①인권침해 및 차별행위의 중지 ②원상회복이나 손해배상 등의 구제조치 ③유사 행위의 재발을 방지하기 위하여 필요한 조치 등을 포함할 수 있다.
당사자 간의 합의에 의하여 성립된 조정이나 당사자가 결정서를 받은 날부터 14일 이내에 이의를 제기하지 않아 확정된 결정은 재판상 화해와 같은 효력이 있으므로 불복하거나 소송을 제기할 수 없다(국가인권위원회법 제42조).
또한 국가인권위원회는 피진정인, 그 소속기관 및 단체 또는 감독기관의 장에게 구제조치의 이행과 법령·제도·정책·관행의 시정 또는 개선을 권고할 수 있고, 피진정인이나 책임있는 자에 대한 징계를 소속기관 등의 장에게 권고할 수 있으며(국가인권위원회법 제45조), 그밖에도 진정에 대한 조사나 증거확보, 피해자의 권리구제를 위하여 필요하다고 인정하는 경우 대한법률구조공단 등의 기관에 법률구조를 요청할 수 있다(국가인권위원회법 제47조).