노조는 "지난 2004년 6월 (교육부는) 학교장의 재량으로 묶여 있던 학교비정규직 노동자들에게 정규직과 동일한 처우를 개선한다는 지침을 시달했다"며 "그러나 그 지침은 1년제 근로계약서 확정으로 고용불안 가중, 정규직과 수당 차별 적용, 교육업무보조원으로 업무통합(교무+전산+과학), 임금 하락된 주40시간 등 여러가지 문제점을 낳고 있다"고 밝혔다. 노조는 "교육부가 정책을 생산해내고, 각 시·도교육청(감) 명의로 학교에 지침을 시달하고 있다"며 "그럼에도 노조가 지난 2004년 12월부터 지역별로 단체교섭을 요구했으나 각 시·도교육청은 사용자성을 전면 부인하고 있다"고 규탄했다.
노조는 또 업무통합이 실시돼 학교 비정규직노동자의 고용불안이 심각한 수준이라며, 실제 업무통합을 시범실시한 지역에서는 전산보조가 150여명에서 20여명으로, 과학보조가 150여명에서 50여명으로 감축됐다고 밝혔다.
이에 노조는 "교육부는 지금이라도 사용자성을 인정하고 성실교섭에 임해야 할 것"이라고 촉구했다.