탄력적 근로시간제가 도입될 경우 사용자는 일의 양이 많고 적음에 따라 적절히 노동자를 사용하면 되므로 인건비를 절감할 수 있겠지만 노동자에게는 출퇴근시간이 일정치 않게 되고, 일이 많을 때만 근무하게 되므로 노동강도가 강해지나 연장근로수당을 받게 되지 못하므로 임금은 감소하게 되는 등 불리한 요소가 많다.
따라서 근로기준법에서는 탄력적 근로시간제를 도입할 수 있는 단위기간과 절차를 정해놓고 있는데, 주40시간제로 근로시간이 단축되면서 1개월까지의 기간을 정하여 운용할 수 있었던 탄력적 근로시간제가 3개월 기간까지 늘어나 노동들에게 불리하게 작용하게 되었다.
2주 이내 기간의 평균 근로시간이 주40시간을 초과하지 않은 범위 내에서 특정일에 8시간, 특정주에 40시간을 초과하여 근무하여도 연장근로수당을 별도로 지급하지 않아도 되는 2주 이내 탄력적 근로시간제는 취업규칙에 의해 도입이 가능하지만 3개월 이내의 기간에서 운용되는 탄력적 근로시간제는 노동자대표와의 서면합의를 거쳐 도입될 수 있는데, 그 서면에는 탄력적 근로시간제가 적용될 대상노동자의 범위, 평균근로시간을 산정할 수 있는 단위기간, 근로일 및 근로일별 근로시간, 서면합의 유효기간이 명시되어 있어야 한다.
2주 이내의 탄력적 근로시간제에서 특정주의 근로시간은 48시간을 초과할 수 없으며, 3개월 이내의 탄력적 근로시간제에서는 특정주의 근로시간은 52시간을, 특정일의 근로시간은 12시간을 초과할 수 없다. 또한 탄력적 근로시간제는 18세 미만의 연소노동자와 임신 중인 여성 노동자에게는 적용할 수 없다.