이에 따라 노동자가 자유롭게 노동조합을 조직하거나 가입할 수 있도록 법에 의해 보장(노동조합및노동관계조정법 제5조)받고 있음에도 어떤 회사에 전체 노동자를 가입대상으로 하는 노동조합이 결성되어 있다면 그 회사의 노동자는 이미 조직된 노동조합이 어용 등의 이유로 맘에 들지 않더라도 다른 노동조합에 가입하거나 새롭게 노동조합을 결성할 수가 없다.
이에 따라 복수노조 금지 규정이 노동조합 설립 자유를 침해하는 위헌조항에 해당된다고 하는 것이다. 따라서 복수노조 금지조항을 해석·적용할 때는 가능한 한 위헌성이 적도록 엄격히 해야 하는데, 규약, 단체협약상의 문언, 조합명칭 등과 같이 형식적인 기준만 가지고 판단할 것이 아니라 규약이 정하는 조직형태와 노동조합 구성원들의 실체와 구성범위 등의 실질적인 기준으로 복수노조 여부를 판단해야 한다.
그러나 노동부는 형식적인 판단기준에 따라 기존노조 규약의 조직대상에 포함될 경우 별도의 노조설립을 허용치 않아 비정규직이나 특정 직무종사자들이 독자적인 노조설립을 하지 못하는 문제점이 있었다.
이제 복수노조 전면허용을 앞두고 복수노조금지에 대한 비판보다는 교섭창구 단일화에 대한 논란이 불거질 것으로 예상되는데, 노동계는 교섭방식을 노사자율에 맡겨야 한다는 입장인 반면, 정부의 노사관계로드맵에 의하면 자율에 의해 교섭창구 단일화를 이루지 못할 경우 다수대표제(당해 사업 또는 사업장에 과반수로 조직된 노조가 있는 경우에는 그 노조, 없는 경우에는 조합원 과반 출석, 과반 찬성을 얻은 노조가 교섭대표가 되도록 하는 방안)나 비례대표제(조합원 수에 비례해 교섭위원단을 구성하고 교섭위원단이 교섭대표가 되도록 하는 방안)를 통해서라도 교섭창구를 단일화해야 한다는 입장이다.