민주노총은 특히 "성명서의 주장과 대대에서 단상점거를 시도한 사람들의 주장이 이렇게 일치하는 것은 단순한 우연만은 아니라고 본다"는 표현까지 사용, 성명서를 발표한 교수들에 대해 강한 불만을 표시했다.
이에 앞서 강수돌, 김세균, 오세철, 정영태 교수 등 58명의 교수들은 호소문에서 “민주노총을 새로운 어용노조로 전락시킬 수도 있는 사회적 교섭안이 대의원대회에 재차 상정된다는 것에 우려를 표명한다”며 "노사정위 참여와 노사정 합의에 집착할수록 민주노총은 권력과 자본 앞에 한없이 초라한 존재로 전락하게 될 것"이라며 민주노총 집행부를 강도높게 비난했다.
교수들은 또 “지금 노사정위로 복귀해 사회적 교섭에 나서야만 노동유연화 공세를 저지할 수 있다는 민주노총 지도부의 주장은 사실 황당무계하다”며 “사회적 교섭 참가를 갈망하는 것은 민주노조 진영의 투쟁능력을 결정적으로 약화시키고, 투쟁하는 모든 동지들에게 찬물을 끼얹는 행위가 아닐 수 없다”고 비판했다. 나아가 “민주노총이 사회적 합의체제 구축에 매달린다면, 권력과 자본에 대한 자주성을 생명으로 삼는 민주노조운동의 깃발을 내리는 것과도 같다”고 주장했다.
이에 대해 민주노총은 "사회적 교섭전술은 대정부전략과 우리의 주체적 역량을 고려한 전술 방침이었으나 교수들은 사회적 교섭을 하면 어용노조로 전락하게 된다는 참으로 황당한 주장을 하면서 대의원대회 파행을 이끈 일부단체들의 주장에 힘을 실어주고 있다"며 “당면과제인 비정규개악안 저지전선에 심각한 교란을 주고 있다”고 비판했다.
더불어 민주노총은 “호소문을 그대로 간과하기에는 도가 지나쳤다고 판단한다”고 논평을 낸 이유를 밝히면서 “앞으로 의견이 있다면 가능한 교수노조를 통해 조직적 입장을 개진해 줄 것을 당부한다. 민주노조운동의 발전에 누구보다 많은 고민 속에서 실천하고 있는 사람들에 대해 함부로 어용이니, 개량주의니하면서 자기관념으로 재단해 상처주는 행위를 삼가기 바란다"고 충고했다.
이번 사태의 본질은 분명이 파벌 싸움이다. 교수들이 '사회적 교섭반대'를 명분 삼아 파벌을 방조하고 동조하는 것은 분명 잘못이다. 교수들에게는 무례하다고 하고 지도부에 대해서는 폭언과 폭력으로 최고 의결 회의를 무산시켜 자본과 정권에게 조롱당하게 만든 행위에 대해 말하지 않는다면 정의는 죽은 것이다.