특히 공무원노조에 대해서는 “인간적 신뢰를 잃었다”며 강도 높게 비난했으며 노동계에 대해서는 “87년 노동운동으로 민주화가 이뤄졌다는 착각, 과도한 생각들이 노동운동을 비현실적으로 만든 원인”이라는 다소 논란이 될 수 있는 발언까지 언급했다.
김 장관은 공무원노조와 관련, “전공노는 시대상황이 다른 88년을 거론하고 있다”면서 “하지만 지난 2002년 행자부가 노조 이름조차도 인정하지 않은 공무원조합법을 내고 노동부가 다시 노동2권을 중심으로 한 법안을 만들 당시 전공노 간부들이 대통령까지 만나 이(노동2권)를 동의한 것은 전혀 언급하지 않고 있다”고 비판했다.
그는 이어 “지난 9월, 10여분 만에 중단된 면담에서도 전공노 간부들은 대단히 일방적으로 부정적인 측면만 언론에 부각시켰다”며 “같은 시대를 살면서 방향은 다르지만 같은 고민을 하고 있는 사람으로서 인간적 신뢰를 잃었다”고 말했다. 그는 “법안을 만든 책임자를 떠나 한 사람의 사회과학자 입장으로도 공무원노조법안은 대단한 역할을 할 것으로 기대한다”고 덧붙였다.
김 장관은 비정규 법안을 둘러싼 노동계 총파업에 대해서도 “시대착오적인 일”이라며 비판의 강도를 늦추지 않았다. 그는 “법안이 국회 심의 과정에 있는 만큼, 논리적으로 설득하는 등 정상적인 절차를 밟는 것이 민주사회에 적합한 태도로 총파업은 책임 있는 노동단체가 취할 태도가 아니다”라며 이같이 지적했다.
그는 또한 “모든 운동이 역동성, 시대를 앞서가는 진취성 등 스스로 혁신하지 않으면 안 된다”며 “87년 노동자 대투쟁도 (노동자) 스스로 성과가 아니라 대학생, 넥타이 부대, 야당, 재야세력 등 민주화 공감대라는 열린 공간에 (노동계가) 편승한 것으로, 이 점을 명확히 해야 한다”고 지적했다.
그러면서 그는 “지금 참여정부는 예전 정부와 달리 노조에 대해 일체 통제권이 없다”며 “걸핏하면 노동계가 정부를 공격하는데 시대가 분명히 달라졌다는 것을 인식해야 한다”고 강조했다. 마지막으로 그는 “역대 어느 정부보다 참여정부가 도덕적으로 우월하다”며 “노무현 대통령은 노동계에게 빚진 게 없다”고 못 박았다.