남측 방북단은 당초 오전 10시에 출발할 예정이었으나 기상악화로 인한 특별기의 도착 지연과 이규재 민주노총 통일위원장 등의 방북을 정부가 허용하지 않은데 대해 민주노총 등 일부 단체에서 이의를 제기, 탑승을 유보하는 바람에방북단의 출발이 3시간 53분 지연됐다.
고려항공 특별기는 김포공항의 안개로 인해 당초 예정시간보다 1시간30분이 늦은 오전 10시30분 김포공항에 도착했다.
이 특별기는 러시아제 80인승 항공기인 TU134기종으로 김 철 기장 등 승무원 12명과 리영선 고려항공 부사장 등 18명이 탑승한 것으로 전해졌다.
아시아나항공은 특별기의 출발이 지연되자 특별기 승무원들에게 샌드위치, 케밥, 훈제 닭 등으로 구성된 비즈니지 클라스급 기내식을 제공하기도 했다.
단체 및 개인 초청자 등 총 43명으로 구성된 남측 방북단 일행은 이에 앞서 이날 오전 8시 30분께부터 김포공항 1청사 3층 일반 대합실에 모였다.
전국연합 등 단체 참가자들은 성명을 내고 "화해와 협력, 자주와 통일의 길을 넓히기 위해 북녘으로 향한다"고 밝혔으며 이번 방북은 불허됐지만환송차원에서 공항에 나온 조국통일범민족연합 남측본부측은 "국가보안법을 들먹이며 방북을 막은 것은 반통일적 행위"라는 내용의 성명을 발표하기도 했다.
개인자격으로 초청된 한완상 상지대 총장은 "이번 기회에 상지대 한의과와 북측동의학자들간의 교류 문제를 알아볼 생각"이라고 말했다.
방북단은 오후 1시 40분께 한반도기를 흔들면서 특별기에 탑승했고 특별기는 곧 이어 이륙했다.