그러나 이번 직장의보 대체인력 투입 결정은 자칫하면 사회보험노조(위원장 직대 안호빈)와 직장의보 노조(위원장 배정근)간에 노·노갈등을 일으킬 수 있는 소지가 있는 것으로 지적되고 있다.
사회보험노조는 이번 조치에 대해 궁극적으로는 파업 이탈을 유도해 사회보험노조를 무력화시키려는 것이라는 분석이다. 대체인력 투입에 따른 비난여론을 무마하는 동시에, 지금보다 더 극한 장기파업을 유도해 사회보험노조를 무력화시키려는 의도를 갖고 있다며 공단에 직접적인 화살을 돌리고 있다. 그러나 이번 업무대체가 사실상의 대체인력의 효과를 갖고 있는데다, 그동안 지역-직장업무 이원화를 요구해왔던 직장노조로서는 업무일원화를 인정하는 셈이 된다. 직장의보 노조 내부에서의 논란도 예상된다는 지적이다. 결국 공단이 지역-직장, 직장내부 등으로 노·노갈등을 유발하고 있다는 주장이다.
이에 대해 직장의보노조는 26일 성명을 내고, "공단의 파행운영과 제도의 붕괴위기는 고용불안 및 국민불편을 가져오고 있어 지역업무의 일부를 수용할 수 밖에 없다"는 입장을 밝혔다. 그러나 또다른 이유로 "사회보험노조가 직장노조를 무력화시킴으로 공단을 장악하려 했으며, 위기상황이 닥치자 노동자, 친구 운운하며 연대를 요구하는 파렴치한 행동을 하고 있다"며 통합과정에서의 불신을 드러내고 있어, 이번 업무대체의 파장이 노조간에도 만만치 않음을 예고하고 있다.