언론노련(위원장 최문순)은 성명서를 통해 "이 프로그램은 한국전쟁 양민학살에 대한 연구가 제대로 이뤄지지 못한 이유를 따져 묻고, 전임연구소장의 파행운영과 폭행을 고발하는 내용이다"며 "언론의 사명과 역할 그리고 음지의 환부를 공론화 시키려는 전형적 고발프로이다"고 밝혔다. 이와관련 KBS는 '국익에 반하다'는 논리를 내세워 불방을 결정했다고 전해졌다. 이와 관련 언론노련은 "방송외압 의혹을 넘어 방송외압의 실체를 감지한다"며 "권력이 방송을 장악하고 좌우하려는 군사정권 시대의 폭압이 실존하며, KBS측이 야합하고 있음을 목도한다"고 강조했다.
이에 대해 KBS노조와 언론노련, 시민단체는 △추적60분 '국방군사연구소' 즉각 방송 △불방에 대한 KBS 박권상 사장 사과 △편집·편성권의 자율 보장 등을 촉구했다.
한편 MBC도 지난 1일 'PD수첩 헬로우 아저씨의 진실'이 방송 2시간 전 경영진의 압력으로 불방 지시가 나는가 하면 지난 3일 SOFA관련 '100분 토론'에서 경영진이 홍근수 목사 출연을 거부하기도해 제작진의 반발로 예정대로 방영되기도 했다.