한국노총은 의견서에서 "'공무원조합법'은 공무원을 근로자로 규정하고 노동3권을 부여한 헌법 제33조 제2항과 공무원노조 도입취지에 동의했던 '노사정위 합의정신'에 배치된다"며 "공무원도 근로자인만큼 '노조' 명칭을 사용해야 한다"고 주장했다.
또한 "공무원의 단체행동권은 노조법상 공익사업에 준하는 범위에서 인정해야 하며, 상급단체나 연대활동은 노조 자율권이므로 이를 제한하는 것은 헌법에 보장된 결사의 자유를 침해하는 것"이라고 비판했다.
한국노총은 이어 "5급 이하 공무원 중 지휘감독 지위를 가진 자와 경찰, 군인을 제외한 모든 공무원 노동자에게 노조가입을 허용할 것"을 요구했다. 정부입법 예고안은 6급 이하 공무원의 가입을 허용하고 있다.
한국노총은 의견서에서 "법률에 노조전임자의 전임기간과 임금지급 여부를 강제적으로 정하는 것은 타당치 않으며, 단체교섭과 단협 체결은 노조의 본래적 기능이므로 이를 제한·금지하는 규정은 반드시 삭제돼야 한다"고 밝혔다.