과기노조는 "그동안 과기노조가 연구 자율성 쟁취와 처우 개선, 기관 운영의 민주화 등을 위해 노력해 왔는 데도 일부 기관장들이 노조를 연구소 발전의 걸림돌로 인식하고 있다"며 "앞으로 연구소장들에 대한 평가를 엄정하게 해 무능한 몇몇 기관장에 대해서는 퇴진 투쟁에 들어가겠다"고 밝혔다.
한편 과학기술계 기관장들은 지난 28일 오후 대전 대덕롯데호텔에서 국회 과학기술정보통신위원회 이상희 위원장을 초청, 간담회를 가졌으며 이 자리에서 일부 기관장들은 노조활동에 대해 강하게 비판했다.