지난 23일 창립대의원대회에서 경찰병력의 대회장 진입과 대의원연행으로 인해 초대임원을 선출하지 못한 노조는 3일 새벽 서울, 부산 등 전국 11개 지역별로 기습적인 대의원 투표를 실시하고 오후 5시 공공연맹 사무실에서 개표작업을 진행했다. 전체 대의원 456명 중 361명(79%)가 참여한 이번 투표에서 차봉천-이용한(위원장-사무총장)후보조는 199표(55%)를 얻어 초대임원으로 당선됐으며 김영길-김원근 후보조는 160표(45%)를 얻는데 그쳐 고배를 마셨다. 또한 고명우 수석부위원장 등 6명의 부위원장도 선출했다.
노조의 이번 기습적인 선거 실시는 창립대의원대회에서 구성된 비상대책위원회 체제로는 조직을 정비하기 어렵고 노동3권 확보 투쟁을 효과적으로 이끌 수 없다는 판단에 따른 것이었다. 차봉천 위원장은 전공련 위원장으로 공무원노조 건설을 이끌어 왔으며 노조는 사업의 연속성과 안정성을 확보할 수 있게 됐다.
또한 노조는 초대임원 선출에 이어 4일 오전 인천 산곡동 성당에서 기자회견을 갖고 공무원 노동3권 보장을 촉구했으며 지도부들의 단식농성에 들어갔다.
노조는 투쟁결의문을 통해 김병진, 설남술, 고광식, 노명우 등 구속자 석방과 지도부에 대한 체포영장 철회를 촉구했으며 공무원노조 탄압분쇄와 공무원노조 사수를 위해 총력투쟁할 것이라고 밝혔다. 또한 내부적으로는 공직사회 개혁을 위한 부정부패 추방운동을 전개하고 외부적으로는 노동운동 진영과도 연대해 나가겠다고 밝혔다.
차 위원장도 담화문을 통해 전국의 지역, 직능 및 기관 등의 공직협들을 4월 중순까지 본부, 지부 체계로 신속하고 정비하라고 지시했다. 차위원장은 또 조속한 시일 안에 비상 중앙상임집행위원회를 구성해 지도력을 확보해 노동3권을 확보하기 위한 구체적인 투쟁계획을 수립할 예정이다. 차 위원장은 그러나 "정부와는 필요하면 언제든지 대화에 나설 것"이라며 대화가능성도 열어놨다.