민주노총은 "전국공무원노조의 출범을 축하한다"며 "공직사회 개혁과 공무원노동자 권익보호를 위해 연대투쟁할 것"이라고 밝혔다. 또한 대의원대회장에서 경찰의 대의원 연행에 대해 즉각적인 석방을 촉구했으며 이후 공무원노조에 대한 정부 탄압에도 강력히 대응해 나갈 것이라고 밝혔다. 민주노총은 또 국제노동기구(ILO) 제소 등 국제 노동계에도 이 문제를 강력히 제기해 나갈 계획이다.
또한 공공연맹과 민주 노동당도 성명을 내고 연행자 석방과 공무원노조의 합법성 인정 등을 촉구했다. 민주노동당은 공무원노조 합법화가 김대중 대통령의 공약사항이자 98년 노사정 합의사항임을 다시 한번 지적하고 "OECD 국가 중 유일하게 공무원노조가 없는 나라임에도 불구하고 국제사회의 권고를 무시한 채 공무원노조를 탄압하고 있다"며 정부를 비난했다.
민주노동당은 또 당 소속인 울산북구청장의 노조합법화 촉구 성명 등 이후 공무원노조 합법화와 조합원 징계저지를 위해 최선의 노력을 기울일 것이라고 밝혔다.
한편 전국공무원노조 창립대의원대회에 참석하기 위해 입국한 한스 잉겔버츠 국제공공노련(PSI) 사무총장도 향후 PSI 차원에서 정부에 강력히 항의하고 국제적인 대응책을 모색해 갈 것이라고 밝혔다.