개정안에 따르면 국민건강보험공단 평가단이 건강검진기관을 대상으로 실시하는 평가에서 미흡 등급을 받으면 재평가를 받아야 한다. 재평가에서도 미흡이 나오면 업무정지 3개월에 처하고, 연속 3회 이상이면 지정취소 처분을 받는다. 복지부 관계자는 "미흡 등급을 받은 검진기관에 대해 교육·자문 실시 외에 별다른 행정처분이 없어 건강검진기관의 질 향상을 유인하는 데 한계가 있었다"며 "법령 개정을 통해 재평가 근거를 마련했다"고 밝혔다.
의도적으로 평가를 거부하는 검진기관에 대한 처분도 강화된다. 현행법에서는 최대 업무정지 3개월에 처하지만, 개정안에서는 두 번 이상 의도적으로 평가를 거부하면 지정취소 처분한다.
2010년 개정된 건강검진기본법에 따라 건강검진기관 평가는 3년을 주기로 시행한다. 지난 1차 평가(2012~2014년)에서 858개 기관이, 2차(2015~2017년)에서 191개 기관이 미흡 등급을 받았다. 3차 평가는 올해부터 2020년까지 실시한 후 평가 결과를 공단 홈페이지(nhis.or.kr)에 공개한다.