정진후 진보정의당 의원은 21일 보도자료를 내고 “서남수 후보자가 차관 시절인 2007년 10만원을 납부한 사실을 확인했다”며 “교육과학기술부로부터 정치후원금 납부사실을 확인했다”고 밝혔다. 정 의원은 “10만원을 어떤 정치인에게 후원했는지는 확인되지 않았다”며 “교과부는 ‘당시 연말정산서류가 보관돼 있지 않고, 후보자 본인에게 확인한 결과 누구에게 후원했는지 기억을 하지 못했다’고 해명했다”고 설명했다.
정진후 의원은 “민주노동당 정치자금 후원건으로 2010년부터 2011년까지 교사와 공무원 1천800여명이 검찰에 의해 기소됐고, 해직과 중징계를 당했다”며 “교육부 수장이 될 사람이 차관 시절에 정치후원을 하고도 이에 대해 입장을 밝히지 않는다면 문제”라고 비판했다.
이와 함께 서 후보자가 병역을 기피했다는 의혹도 일고 있다. 박홍근 민주통합당 의원에 따르면 서 후보자는 두 차례에 걸쳐 징병신체검사를 연기한 끝에 받은 74년 신체검사에서 색맹과 하악 관절장애로 현재 4급에 해당하는 3을종 판정을 받아 1년 보충역(방위)으로 복무했다. 그런데 그가 79년 교육부 사무관 임용 당시 작성한 인사기록카드에는 두 눈의 시력이 0.5에서 1.5(좌)·1.2(우)로 좋아졌다. ‘색맹’은 일상생활에서 큰 불편이 없는 ‘적록색약’으로 바뀌었다. 박홍근 의원은 “군복무 시기까지는 건강에 문제가 있던 후보자가 병역을 마치고는 의학적으로 설명이 불가능한 치유능력이 갑자기 생긴 것인지 모르겠다”고 지적했다.