문 교육감은 지난해 12월 당선 직후 "교단을 붕괴시키고 교사와 학생 간의 관계를 악화시킨 학생인권조례의 수정이나 폐기가 시급하다"고 말해 전교조와 서울시의회 등의 우려를 샀다. 문 교육감이 나서 거듭 수정 입장을 밝히는 것에 대해 조례 개정권한을 가지고 있는 서울시의회는 불편한 기색을 숨기지 않고 있다.
이에 대해 문 교육감은 "시의회 의원님들도 다 교육을 잘하고 우리 학생들을 위해 뭐가 최선이냐 하는 것에는 일치한다고 생각한다"며 "서로 소통하고 대화하면 많은 부분이 잘 해결될 수 있을 것"이라고 말했다.
최근 신설학교 2곳(서울 우솔초·천왕초)의 혁신학교 추가 지정에 반대하면서 학부모들의 반발을 사고 있는 문 교육감은 "이번에 새로 개교하는 학교는 아무런 실체가 없어 혁신학교로 지정하지 않았다"며 "1년 동안 (혁신학교에 대한) 연구나 관찰을 통해 결론이 나오면 혁신학교에 대한 정책을 재수립하겠다"고 밝혔다.