서울시교육청은 매년 4~6월 공익법인에 대한 결산서를 검토하고 기본재산의 부당한 처분 등 조사가 필요한 법인을 대상법인으로 선정해 7월 이후 조사를 실시해 왔다. 노조는 지난 8일 "서울시교육청이 2005년도 감사에서 장학회가 박근혜 당시 이사장에게 과다한 보수를 지급했다고 지적했으나, 최필립 현 이사장이 2010년 장학회에서 받은 급료는 이후 더 올랐다"며 "교육청의 감사결과 처분 이행을 정면으로 거스르는 행위”라며 '정수장학회 감사 청구 및 설립허가 취소신청'을 제기한 바 있다.
서울시교육청은 공문을 통해 “2005년 개선을 권고했고, 2012년 상속세 및 증여세법 시행령 개정으로 법인의 임원과 종업원이 지급받는 연간 총급여액이 8천만원을 초과할 경우 그 초과금액은 고유목적 사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는다"며 "공익법인의 신뢰성이 회복될 수 있도록 지도·감독하겠다”고 전했다. 서울시교육청은 그러나 "정수재단 재산출연 행위의 무효 여부와 법인설립허가 취소 여부는 사법부에서 판단해야 한다"는 입장을 전했다.
노조는 “실태조사는 당연한 결정이며 잘못된 관행을 바로잡을 수 있도록 철저하게 조사를 해야 한다”며 “공익법인의 설립과 허가를 엄격하게 제안하고, 관리·감독 기관이 공익을 해하는 사유에 대해 설립 허가를 취소하는 등 적극적인 권한을 행사할 수 있도록 공익법인설립 및 운영에 관한 법률을 개정하는 운동을 펼치겠다”고 밝혔다.