전교조 여성위원장은 안건설명에서 "전교조에 가입한 조합원중 여성이 전체 60%를 차지하고 있으나 지난 해 전국 대의원 488명에서 여성대의원은 33명으로 6.7%를 차지하고 있다"며 "다양한 요구를 수렴하는 대중조직에서 다수인 여성이 소외되고 있다는 것은 다시 생각해봐야 할 문제"라고 말했다. 이어 "여성의 사회적진출은 세계적인 추세이며, 여교사 참여증진방안으로 할당제가 의미있는 만큼, 2002년부터 30%, 그후부터 50%를 여성할당제로 해야한다"고 주장했다.
안건상정 이후 여성할당제에 대한 찬반이 오고갔는데, 광주의 한 대의원은 "여성할당제에 대해서는 근본적으로 찬성을 하지만, 1-2년 사이에 50%가 진출하여 적극적인 활동을 할수 있냐"며, "할당제를 해 놓고 회의 참석하지 않으면 정족수에 문제 있는 것 아니냐"며 우려를 표명했다. 또 다른 대의원은 이미 여성참여의 공간은 열려있는데 진출하지 못하는 것은 조직적 문제가 아니라 '능력'의 문제가 아니냐고 따지기도 했다.
이에 경북의 한 여성대의원은 "50% 여성활동가를 만들어내고자하는 노력으로 이 제안을 받아들여야 할 것"이라고 맞섰다. 이어 "여성들이 남성들에 비해 노조활동을 적극적으로 하기 힘든 조건이 있지만, 이럴수록 주변에서 배려하고 조직적으로 여성활동가들을 키워나가야 한다"며 소리없이 눈물을 흘려 대회장을 숙연케 했다.
결국 이날 대회에서 전교조는 찬반 논란을 벌인 끝에 이동진 대의원이 성안한 "여성할당제는 실시하되, 그 비율과 실현방도는 관련규정에 따른다"는 안을 재개의안으로 상정, 대의원 285명이 투표해 195명이 찬성하고 89명 반대해 '여성할당제'를 통과시켰다. 이에 따라 노조는 앞으로 중집위를 열고 여성할당제 비율 및 도입시기 등 구체적인 규정을 해야 한다.