기재부는 6차례에 걸친 공기업 선진화계획이 기관 통폐합과 인력감축 등 외형적인 구조개혁에 집중됐다면 앞으로는 내부 체질개선으로 이어질 수 있도록 기관장에게 자율권을 주고 책임성을 확보토록 해야 한다는 점을 강조하고 있다.
자율경영제 기관으로 선정된 공기업들은 총인건비 범위 내에서 정원·인력·조직을 자율적으로 운영하고 경상경비 등 예산 운영의 자율성을 부여받게 된다. 다만 인건비 지침은 원칙적으로 준수하되, 계획 대비 초과된 순이익의 일부에 대해 임직원의 인센티브로 활용이 가능하다는 점에서 선호하고 있다.
하지만 지방자치단체에서 이미 시행하고 있는 자율경영제를 보면 정원과 인건비 수준을 기관에서 자율적으로 조정하면서 직급이나 직제가 점차 사라지고 구조조정이 일상화되는 결과가 나타나고 있다. 박준형 공공노조 정책기획실장은 “정부가 공기업 정원과 인건비 억제라는 두 마리 토끼를 잡기 위해 자율성과 책임성을 연동하는 것으로 보인다”고 밝혔다.