전교조는 "교육부의 처사는 40만 교원을 기만하는 이중플레이"라고 강력히 비난하고 나섰다. 전교조는 "이미 합법화된 교원노조와 단체교섭을 벌이면서 다른 한편으로는 법적 구속력이 없는 권한인 협의권만을 갖는 교총과 조인식을 갖는다는 것은 누구도 이해할 수 없다"고 주장했다.
특히 교총이 가진 협의권의 법적근거가 되는 '교원지위향상을 위한 특별법'은 '교원노조설립및운영등에관한법률'의 제정으로 이미 실효성을 상실한 것이라고 주장했다.
전교조는 또 그동안 반대입장을 고수해온 수석교사제의 조기 도입과 관련 "많은 현장교사들이 반대하고 있을 뿐 아니라, 교원노조간에도 의견이 통일되지 않고 있는 이 제도를 교총과 합의한 것은 묵과할 수 없다"고 밝혔다. 이 수석교사제는 전교조와 한교조(위원장 임태롱)사이에 의견 절충이 되지 않아 단체교섭안에서도 단일안을 만들지 못했던 사안이다.
전교조는 위원장이 정부청사 앞 삭발단식농성을 벌이고 있을뿐 아니라 오는 28일 전국교사대회를 계획하고 있는 상황에서 교육부가 교총 끌어안기에 나섰다며 강하게 비난했다.