전국대학교수회는 창립선언문을 통해 "대학교육이 △정부의 잘못된 정책 △사학재단의 비교육적 횡포와 부도덕성 △후진성을 벗어나지 못하고 있는 정치현실 △일부 교수들의 현실안주적이며 관변적인 성향 등으로 인해 총체적 위기를 맞고 있다"고 진단하고 "교수회가 대학교육 정책의 핵심 주체로 나서 대학개혁을 통해 학문의 자유와 대학의 자치를 실현해 나가겠다"밝혔다.
또한 전국대학교수회는 △대학교육의 정책대안 개발 및 실현 △교수협의회를 대학 내 최고 의결기구로 △교육관계법의 개정 △대학교육과 연구의 질적인 향상 △대학교수들의 복지향상과 신분보장 △교육재정 확보 등을 사업계획으로 확정했다. 특히 교수회는 교육부의 국·공립대 발전계획과 내년부터 시행될 예정인 '교수 계약제, 연봉제'가 "교수들의 학문적 자유와 교권을 위협한다"며 철회를 위해 노력할 것이라고 밝혔다.
한편 전국대학교수회 창립을 주도한 국공립대교수협의회(국교협)과 사립대학교수협의회연합(사교련)은 전국대학교수회가 조직적으로 안정될 때까지 조직적 형태를 유지할 계획이며 이후 해산하게 될 것이라고 밝혔다.