정부 지침대로 퇴직금누진제를 폐지하지 않은 기관은 한국무역협회, 국민건강보험, 한국무역정보통신, 부산교통공단, 건강보험심사평가원 등 5곳과 서울대병원, 경북대병원 등 국립대 병원 9곳, 손해보험협회, 조흥은행, 한국투신증권, 서울보증보험 등 공공금융기관 4곳과 농협중앙회 등 19개 기관이다. 이들 기관에 경상비, 기자재 구입 및 시설비 예산 등 모두 2,768억원이 배정되지 않았다.
또 한국개발연구원과 한국과학기술연구원 등 정부출연 연구기관 33곳도 대학생자녀학자금지원제도와 체력단련휴가 등을 개선하지 않았다며 연구지원비 1,411억원의 예산배정을 유보했다. 이와함께 감사원 지적사항을 개선하지 않은 기관 14곳에 인건비, 기관운영비 50% 유보하는 등 8,943억원의 예산이 배정되지 않았다.
기획예산처는 이에 앞서 올해 예산 편성시 공공부문 개혁과제 이행이 미진한 기관에 대해 총 718억원을 삭감조치한 바 있다.
한편 정부혁신추진위원회는 이달 중으로 산하 점검평가단을 통해 부처별, 기관별 경영혁신 추진실적을 종합 평가해 그 결과를 내년 예산편성에 반영할 계획이다.