전국공무원노조는 지난 지방선거에 각 단체장 후보들에게, 공무원노조 실체 인정 및 단체협약 인정, 업무추진비 공개 등의 질의내용을 담은 정책질의서를 각 후보들에게 보냈다. 당시 이 질의에 답변한 단체장 후보 중 당선자는 20명 안팎인 것으로 조사되고 있다. 행자부가 이들에 대한 단속에 들어간 것이다.
행정자치부는 “설립신고를 안한 단체와 단체교섭 협약은 위법이며 무효”라면서 “전임자 인정과 사무실 제공, 조합비 일괄공제 등 일체의 지원행위를 금지한다”고 밝혔다. 또한 행자부는 “당선자의 노조 사무실 방문과 간담회를 지양할 것”을 주문했다.
공무원노조 각 지부가 지난 2002년 이후, 각 지자체에서 사실상의 ‘단체협약’을 맺고, 지자체와 협상을 진행해 온 것을 인정하지 않겠다고 밝힌 것이다. 이에 따라, 신임 지자체장과 노조의 갈등은 증폭될 것으로 보인다.
또한 행정자치부는 설립신고를 하지 않은 단체와 단체협상을 하거나, 지원하는 지자체에 대해선 “행정적·재정적 불이익을 줄 것”이라고 경고했다.
공무원노조 측은 “선거 시기에 행한 정치적 협약을 당선된 이후에 파기하라고, 중앙정부가 지침을 내리는 것은 상식적으로 이해가 가지 않는다”면서 “지방분권과 단체장의 권한에 대한 침해이며, 월권”이라고 비판했다.