임단협 인준이 부결된 데에는 2년 가까이 끌어온 ‘5주일제 시행’ 교섭 결과에 대한 조합원들의 불만이 주요하게 작용한 것으로 보인다. 특히 인력충원, 근무형태 개선 등 핵심쟁점 사항을 ‘6월까지 단체교섭을 통해 재논의’하기로 연장한 데 따른 조합원들의 실망감이 크게 작용한 것으로 보인다. 또한, 철도노조 파업과 시기가 집중됐던 총파업을 철회한 데 따른 조직 안팎의 비난과 차량·역무지부의 공개적 부결 호소 등이 겹치면서 조합원들이 집행부에 대한 지지를 거둬들인 것으로 분석된다.
부결을 주도한 지부와 현장단체들은 △근무형태 개선, 인력충원 등 조합 요구안의 완전 쟁취를 이루지 못한 점 △총파업 예고 후 교섭 주도권을 갖지 못하고 사측의 교란 전략에 강력히 대처하지 못한 점 △총파업 투쟁 동력의 실질적 조직화에 전력을 다하지 못한 점 △임단투 과정에서 집행간부 내 한계와 오류를 드러낸 점 등을 비판한 것으로 알려졌다.
그런가 하면, 배일도 집행부 당시 ‘무쟁의, 노사상생’의 노선과 뜻을 같이 했던 역무지부장 및 역무, 차량 소속 지회장들도 “2월안에 주5일제 시행을 마무리하겠다던 약속을 지키지 않은 위원장과 집행부를 부결로 응징해야 한다”는 입장을 제출한 것으로 전해졌다.
한편, 투표 결과에 대해 서울지하철노조는 “조합원의 준엄한 평가와 뜻에 따라 13대 집행부는 총사퇴를 하고 14대 집행부 총선거를 치를 예정”이라며 “조속한 시일 내 규약과 규정에 따라 선거일정을 진행하는 한편 조합업무에 공백이 없도록 최선을 다하겠다”고 밝혔다. 노조는 이번주 중으로 중앙선거관리위원회를 소집하는 등 위원장, 4개 지부장, 지회장 등 집행간부 전원을 선출하는 선거일정에 돌입할 계획이다.
한편, 규약에 따라 1일 체결된 임단협은 부결 여부과 상관없이 효력을 발휘하며, 6월까지 미뤄진 핵심 쟁점사항에 대한 교섭과 2006년 임단협 등은 차기 집행부가 진행하게 된다.