건강진단의 종류는 실시시기 및 대상에 따라 구분되는데, △신규채용 노동자의 기초건강자료 확보 및 배치적합성을 평가하기 위해 신규로 채용하는 때에 실시하는 ‘채용 시 건강진단’ △노동자의 건강 보호·유지 및 주기적인 업무 적합성 평가를 위해 상시 사용하는 노동자에 대해 주기적으로 실시하는 ‘일반건강진단’ △유해인자 노출업무 종사노동자의 직업병 예방 및 해당 노출업무에 대한 주기적인 업무 적합성 평가를 위한 ‘특수건강진단’ △특수건강진단 대상업무에 종사할 노동자에 대한 기초건강자료 추가 확보 및 배치 적합성 평가를 위해 실시하는 ‘배치 전 건강진단’ △특수건강진단 대상업무로 인하여 해당 유해인자에 의한 직업성 천식·피부염 기타 건강장해를 의심케하는 증상을 보이거나 의학적 소견이 있는 노동자의 건강장해의 신속한 예방 및 해당 노출업무에 대한 업무적합성을 재평가하기 위해 실시하는 ‘수시건강진단’ △연·4알킬연·유기용제 및 특정화학물질 등에 의한 중독의 우려가 있는 노동자 또는 당해 물질의 취급과 관련된 질병에 걸린 노동자가 많이 발생한 경우 그 노동자 및 당해 물질을 취급하는 다른 노동자에 대하여 중독의 여부, 질병의 이환 여부 또는 질병의 원인 등을 발견하기 위하여 관할 지방노동관서의 장의 명령에 따라 실시하는 ‘임시건강진단’이 있다.
이 가운데 ‘채용 시 건강진단’은 오히려 고용차별의 수단으로 활용되고 있다는 지적에 따라 2006년 1월1일부터 폐지되었다. 사업주는 건강진단을 실시할 때 노동자 대표의 요구가 있는 경우 건강진단에 노동자 대표를 입회시켜야 하고, 산업안전보건위원회 또는 노동자 대표의 요구가 있는 경우 건강진단 결과에 대한 설명도 해야 한다.
건강진단 결과 노동자의 건강을 유지하기 위해 필요하다고 인정할 때에는 작업장소의 변경, 작업의 전환, 근로시간의 단축 및 작업환경 측정의 실시, 시설·설비의 설치 또는 개선 기타 적절한 조치를 해야 하고, 건강진단 실시 결과는 노동자의 건강 보호·유지 외의 목적으로 사용해서는 안 된다.