당초 부산본부장 선거는 총 투표자수 투표자수 3,640명 가운데 기호1번 전혜정 후보가 1,812표를, 기호2번 박금옥 후보가 1,684표를 얻어 기호 1번 전혜정 후보에 대한 결선투표가 결정됐다.
그러나 개표 이틀 후인 14일 기호2번 박금옥 후보쪽에서 보훈병원부산지회 조합원 2명이 투표하지 않았다는 내용의 녹취록을 첨부하여 선거인명부 서명 여부를 확인 요청하는 한편, 보훈병원부산지회 선관위원이 11월10일 저녁 이동투표를 실시한 것에 대한 적법성 여부 등에 대한 이의제기를 신청함에 따라 중앙선관위는 "부정투표에 대한 진위 여부를 가린 후 그 결과에 따라 투표일정을 진행하겠다"면서 찬반투표 실시를 유보했다.
이러한 중앙선관위의 결정이 내려지자 보건의료노조 홈페이지 자유게시판에는 “예정대로 다득표자인 기호1번 전혜정 후보에 대한 찬반투표를 실시해야 한다”는 주장과 “부정투표 시비가 제기된 만큼 중앙선관위가 철저한 조사를 진행해야 한다”는 주장들이 제기되며 한때 뜨거운 공방이 벌어지기도 했다.
부정투표 이의제기 건에 대한 조사를 마친 중앙선관위는 “조사결과 5건의 부정투표 사실을 확인했다”고 발표했다. 그러나 중앙선관위는 “보훈병원부산지회 선관위가 비협조적인 태도로 일관해 그외의 부정투표 여부를 더이상 확인하지 못했다”면서 “이와 관련해서는 보훈병원부산지회 선관위원장에 대한 명확한 제재 조치와 더불어 해당지회의 선관위를 새로 선출하여 향후 투표관리를 하도록 하는 것이 바람직하다”고 덧붙였다.
한편, 중앙선관위는 이번 결정의 배경에 대해 “보훈병원부산지회에서 부정투표가 확인된 만큼 해당 지회만 재투표를 실시하여 본부장 당선자를 결정해야 이후 선출된 지역본부장의 지도력을 세우고 지역본부를 운영하는 데 있어 지역내의 갈등을 최소화할 수 있을 것”이라고 밝혔다.