민주노총 부산지역본부는 고소장에서 "행정관청이 3일 이내에 설립신고서에 대해 보완처분이나 반려처분을 해야 함에도 원양노조측의 항의에 의해 소신없이 아무런 처분을 내리지 않고 있어, 단결권이 침해받고 있다"며 "부산 중구청이 직무유기를 하고 있다"고 주장했다.
민주노총 부산지역본부는 중구청의 노조설립 신고필증 교부 지연으로 인해 원양선원노조와 부산지역본부가 입은 피해에 대해 국가보상심의위원회에 손해배상도 청구할 계획이라고 밝혔다.
한편 원양선원노조는 지난 2월 원양노조가 조합원들의 의견수렴없이 일방적으로 사용자와 근로조건을 불이익하게 변경했다고 주장하며, 원양노조를 탈퇴해 지난달 6일 원양선원노조를 결성했다.