연맹은 "부산시는 혁신도시 일괄배치라는 노정협약의 정신은 아랑곳하지 않은 채, 공공기관을 3곳 이상으로 분산 배치하겠다는 입장을 아직도 굽히지 않고 있고, 충청북도도 공공기관 지방이전이 발표될 당시 특정 지역이 처음부터 배제됐다는 주장을 펴며 2개월 넘게 이전기관 노조와 갈등을 빚고 있다"고 밝혔다.
제주도도 제주지사가 특정 지역 유치를 공공연히 주장하고 있고, 울산시의 경우 이전기관이 선호하는 지역에 대한 자료를 울산시가 부실하게 제출하고 이전기관 노조의 사전 의견 수렴을 생략하는 등 정상적인 평가절차가 지연되고 있다고 밝혔다.
특히 "경상남도는 이미 진주시가 혁신도시로 선정됐음에도 다시 '준혁신도시'를 임의로 선정하고 3개 공공기관을 배치하겠다는 발표를 했다"며 "이러한 일부 지자체의 상식 이하의 행태가 계속되고, 건교부가 이를 바로잡지 못한다면 이는 노정협약의 근본 정신이 훼손되는 것이자, 이전기관 종사자와 노조를 우롱하는 반공공적 처사"라고 지적했다.
이에 연맹은 건교부와 각 지방자치단체가 공정하고 객관적인 입지 선정 심의, 이전기관 종사자와 노조의 요구를 제대로 반영하는 공공기관 지방이전 추진을 보장할 것 등을 촉구하고 있다.