선택적보상휴가제에 대한 노사합의내용은 1)휴가로 대체되는 임금의 범위, 2)휴가의 청구권보호, 3)휴가부여단위, 4)휴가사용기간과 기간내 미사용시 임금지급명시이다. 이중에 특히 핵심적으로 고려해야 할 내용은 휴가로 대체되는 임금의 범위이다.
노동부는 시간외·야간·휴일근로에 대한 임금과 이에 갈음하여 부여하는 휴가 사이에는 동등한 가치가 있어야 하므로 근로기준법 제55조에 의한 가산임금까지 포함하여 휴가량을 결정해야 한다는 것이다. 예를 들어 2시간 연장근로를 했으면 휴가량은 할증율 50%를 합산하여 3시간이 된다.
그러나 노동계는 근로의 대가는 임금으로 지급되고 할증율 50%에 해당되는 수당만 휴가의 대상이 된다는 주장이다. 그러나 노동부는 소정근로시간 내 야간근무에 대한 야간수당은 취지상 휴가의 대상이 되어서는 안 된다는 입장이다. 이는 법으로 정해진 것이 아니기 때문에 노사합의로 휴가의 대상을 한정하면 된다.
이외에도 선택적보상휴가는 연차휴가와 달리 사용자의 시기변경권과 사용촉진제도가 적용되지 않는다. 즉, 선택적보상휴가제의 취지상 휴가청구와 관련하여 최대한 근로자의 자유의지가 보장되어야 하며 노사합의에 따라 아주 제한적으로만 시기변경권이 허용되어야 한다.
선택적보상휴가제를 도입하기로 노사합의를 하면 별도의 규정으로 개별노동자의 선택권(수당과 휴가)을 보장이 없는 한 개별근로자가 사용자에게 휴가 대신 수당을 청구해도 수당을 받을 수 없다. 왜냐하면 노사합의의 효력은 법에 의거 해당 근로자 모두에게 미치기 때문이다. 따라서 선택적보상휴가제를 도입해야 한다면 근로자들의 전체 의견을 수렴하여 임금과 휴가사용에 있어서 불이익이 없도록 세밀한 노사합의서를 작성해야 한다.