정투노련은 정부투자기관관리기본법 제21조에서 '기획예산처 장관이 투자기관의 예산편성에 관한 지침을 작성해 투자기관의 사장에게 통보할 수 있다'(99. 2. 개정)고 규정한 것은 자율교섭에 의한 단협을 부정하고, 헌법재판소의 결정(93. 11.) 취지를 무시하는 것이라고 주장했다.
노사관계의 당사자가 아닌 기획예산처가 사용자의 자결권을 박탈하고 예산지침을 통보하는 것은 노사관계의 기본을 부정한다는 것이다. 또한 지난 93년 헌법재판소가 예산편성공통지침 통보행위를 헌법소원 대상이 되지 않는다고 결정했으나, 지침은 임금협상에 관한 유도적 기준을 제시한 것이지 단체교섭에 직접 개입하거나 강제하는 것은 아니라는 것이 결정요지였다는 것이다.
그러나 정투노련은 정부가 퇴직금 제도 미개선 기관에 예산차등 배정을 통해 직접적으로 개입해왔고, 감사원 감사를 통해 강제해왔다고 주장하고 있다.
정투노련은 또한 기획예산처는 예산정책, 편성, 집행의 관리와 재정개혁, 행정개혁이 고유기능이므로, 대규모 국가사업비 등 정부예산의 효율적 관리에 치중해야 하나, 예산의 17%정도를 차지하는 인건비에 집착해 왔다고 비판했다.
정투노련은 예산편성지침에 대한 대안으로 △지침내용을 사업비에 한정 △인건비 책정 방식을 전년대비 인상률이 아닌 전체예산 대비로 변경 △지침내용의 기관별 차등화 등을 제시하기도 했다.
한편 정투노련은 국정감사와 관련해 지난달 17일 감사원 감사결과 발표내용에 대해 진실을 규명해 줄 것과 무분별한 인력감축정책의 폐해를 규명해 줄 것 등을 요청하는 공문을 민주당과 한나라당에 발송했다.