정부는 소장에서 "`고속철도 부채처리 및 복선화.전철화 사업권의 주체확정'은철도산업 경쟁력 강화를 위한 국가정책적 결정 사항으로 철도근로자의 근로조건 개선과는 무관하다"며 "따라서 노조의 파업은 근로조건 개선을 목적으로 하는 노동쟁의가 아닌, 정치적 목적의 단체행동이므로 쟁의행위의 정당성을 잃은 파업"이라고주장했다.
정부는 손해배상 액수를 △전년 동기 대비 수입결손액 94억5천만원 △퇴직자.군인 등 대체인력비 2억5천만원 △초과근무 특근비 5천500만원 등 97억5천850만원으로산정, 청구했다.