노조는 지난 2일 실시된 투표에서 전체 조합원 5,740명 중 5,057명이 투표한 결과, 한국노총을 선택한 조합원이 3,398(67.19%)로 과반수를 넘었다고 밝혔다. 민주노총을 선택한 조합원은 1,589명(31.42%)에 그쳤다.
한편 농업기반공사는 정부 구조조정정책에 따라 전국농지개량조합, 농지개량조합연합회, 농업진흥공사 등 3개 기관이 지난해 1월 통합해 하나의 공사로 출범했다.
이에 따라 노조도 지난해 12월 통합대의원대회를 열어 상급단체가 없는 농업기반공사노조로 통합하고 상급단체는 추후에 조합원 총회를 통해 결정하기로 한 바 있다.