대전시청 공직협은 "매년 되풀이되는 국정감사가 지방의회와 중복되고 과다한 자료 제출요구에 행정력 및 예산낭비 등 문제점을 갖고 있다"며 "지방고유사무에 대한 감사는 지방자치권을 침해할 뿐 아니라 지방의회 고유권한임에도 이를 국정감사 대상으로 하는 것은 국정조사에 관한 법률 제7조 규정에 위배된다"고 주장했다.
따라서 대전시청 공직협은 국회의 지방자치단체에 대한 국정감사가 정상화되기 위해서는 △국가위임사항에 한해 실시 △지방고유사무의 경우 국감대상에서 제외 △중복감사 방지 위해 국회에 지방자치단체 합동 감사반 운영 △국가사무와 지방고유사무 구분 위한 법률정비작업등 필요하다고 지적했다.
그러나 대전시청 국감 질의에 나선 한나라당 박종희(수원장안 42세)의원은 "국가위임 사무에 대해 국회가 감사를 하지 않는 것은 직무유기에 해당한다"며, "공직협의 국정감사폐지 주장에 대해 심히 불쾌하다"고 말했다.
또 한나라당 윤경식(청주흥덕 40세)의원은 "지방자치 고유권한에 대해선 인정하지만 왜 행자부 지시에 대해서는 거부권을 행사하지 못하느냐"고 반문하며 불편한 심기를 나타냈다.
이어 국정조사 1반장인 민주당 박종우(경기김포 63세)의원은 "공무원이 근무시간인데 국정감사를 방해하기 위해 근무지를 이탈했다면 그에 대한 책임을 물어 공직기강을 바로잡아야 한다"고 목소리를 높이기도 했다.