보람원측은 파업이후 전직원이 유급휴가를 갔다 온 직후 징계위원회를 개최하고, 음창진 노조위원장을 근무지이탈로 임금10% 감봉, 김정식부위원장에게 명령불복종에 의한 사내질서 문란으로 해고, 충주지부장은 감봉 10%, 조직부 차장 정직2개월, 여성부장 경고 등의 징계조치를 했다.
이에 노조는 "위원장이 충주지부 노조가입문제로 출장을 간 것을 근무지이탈로 몰아 징계한 것은 명백한 단협위반이며, 노조 임원 인사이동시에는 노사합의하게 되어 있는데 고객만족팀으로 일방적으로 발령을 내리고 이에 항의하는 김부위원장과 조직차장을 해고와 정직이라는 중징계를 했다"고 항의했다. 노조는 또 "회사측이 불법적으로 단협을 위반하면서까지 노조간부에 대해 징계를 남발하는 것은 명백한 부당노동행위에 의한 노조탄압이며, 합법적인 쟁의기간에 노조를 무력화시키려는 것이다"고 반발하고 "정상적인 노사관계 정착을 위해 부당징계를 즉각 철회하라"고 주장했다.
이에대해 회사측의 관계자는 "노조간부징계는 이번 파업과 관련이 없으며, 김부위원장을 해고한 것은 주의조치를 했는데도 개선의 여지가 없어서 직장내위계질서를 바로 잡기위해 해고했다"고 말했다. 그는 또 "따른 직원들도 그에 상응하는 적법한 징계를 내렸다"고 주장했다.
노조는 "진행되고 있는 임단협을 마무리짖기위해 교섭을 요청할 방침이며, 부당징계를 철회하지 않으면 관계기관에 고발하겠다"고 밝혔다.