그러나 노조의 정치 활동이 법으로 보장받고 있음에도 불구하고 공직선거관련법에 의해 정당활동이나 또는 선거운동 등의 활동을 제약받고 있는 노조들이 있어 논란이 되고 있다.
지난해 10월 민주노총, 참여연대 등 10개 시민사회단체들은 교원의 정치활동 자유를 위해 정당활동을 할 수 있도록 헌법소원심판을 청구했다. 현행 정당법 제 6조 등에서 사립학교의 교원과 국가공무원의 정당 가입에 대해 제한을 두고 있는 법률에 의해 교원의 정치적 활동이 제약을 받고 있어 국민으로서 누려야할 정치적 기본권 등을 침해받고 있다는 것이다.
전교조 최철호 대협실장은 "(교육)공무원으로서 직무 중 정당활동에 대한 제약을 받는 것은 인정하나 퇴근 후나 또는 휴일에 업무와 상관없이 국민으로서 당연히 누려야할 정치적 기본권 등을 침해받고 있는 것"이라고 주장했다.
최철호 대협실장은 더구나 같은 교육공무원 신분임에도 교수나, 전임강사, 총장, 학장 등의 정당활동은 가능하면서 이를 제외한 교원의 정당활동을 묶는 것은 평등권에도 어긋난다는 항변이다. 전교조는 이에따라 헌법소원을 청구한데 이어 앞으로 신학기가 시작되면 전체 교원을 대상으로 정당활동 자유를 위한 서명운동을 벌인다는 방침이다.
국민건강보험공단내 사회보험노조는 건강보험공단의 상금 임직원은 선거운동을 할 수 없도록 규정된 공직선거및선거부정방지법 제 60조에 대해 헌법 소원을 준비중이다.
건강보험공단과 마찬가지로 대민 민원업무를 담당하는 국민연금관리공단, 근로복지공단 등의 경우에는 법적인 제약이 전혀 없으나 유독 건강보험공단 직원에 대해 선거운동에 제약을 가하는 것은 평등권의 심각한 침해라는 것이다.
사회보험노조 김영보 정치통일국장은 "조합원으로 민주노동당 당원에 가입한 사람이 700명이 넘어섰을 정도로 조합원의 정치적 의식은 매우 높다"며 "그러나 선거운동을 펼칠 수 없어 지자체 선거 등에서 손을 놓고 있어야 되는 실정"이라고 밝혔다.
김영보 국장은 또 "공단 임직원의 선거운동 금지 조항에 대해 법조계에 자문을 구한 결과, 위헌결정이 충분히 나올 수 있는 상황이라는 설명을 들었다"고 밝혔다