IMF 외환 위기 중 대외 신인도 제고와 노사협력 구현 요구를 충족시키기 위해 출범 2주 만에 ‘경제위기 극복을 위한 사회협약’ 이라는 ‘2·6 대타협’을 이끌어냈다. 경영상 해고 조항 신설이 골자이다. 99년 5월 24일 법적 상설기구로 탈바꿈했다.
하지만 이후 노사정위는 별 성과를 내지 못했다. 구조조정은 노조의 강력한 반발에 부닥쳤고 기업도 친노조주의적 태도에 불만을 가졌다. 게다가 한광옥(1기), 김원기(2기), 김호진(3기), 장영철(4기·현 위원장) 위원장 등 수뇌부가 김대중 대통령의 측근들로 배치되면서 노사정위가 청와대의 들러리 기구라는 인식도 생겨났다. 1년 반 동안 진행된 주5일 근무 합의가 노사의 저항에 부닥쳐 결실을 내지 못하면서 노사정위는 결정적으로 그 한계를 드러내고 있다. 전력산업 구조개편, 철도산업 구조조정에 합의했으나 이 또한 관련 업계 노조의 강력한 반발에 부닥쳐 지지부진하다.