4일 한국노총은 성명을 통해 "민족의 화해협력과 조국의 통일위한 6.15 남북공동선언과 이를 실현하기 위한 민간단체의 통일열망에 대한 중대한 도전"이라며 "정치권의 당리당략에 의한 행위"라고 비난했다. 이어 "정부당국은 이번 사건을 계기로 화해협력의 정책기조를 더욱 확고하게 유지하는 바탕위에서 새롭게 조성되고 있는 남북당국간 회담을 조속히 실시해야 할 것"이라며 △이산가족 상봉 △경의선 철도연결 △금강산 관광사업 △대북 전력지원 등 산적한 남북관계 현안도 시급히 해결할 것을 강조했다.
민주노총도 이날 "해임안 통과는 한나라당과 자민련이 남북화해와 통일을 방해하는 수구 반통일세력임을 여지없이 보여준 사건"이라며 "무슨 꼬투리든 잡아서 권력을 잡는데 유리한 조건만 만들면 된다는 막가파식 정치행태"라고 밝혔다. 또 "이번 파동은 정부여당이 DJP공조에 집착하고 냉전수구세력의 눈치를 보다가 발생한 일"이라며 "정부여당이 진정한 개혁과 민족화해 정책을 추진하는 계기로 삼아야 할 것"이라고 주장했다.
한편 민주노동당도 같은 날 논평을 내고 "결론적으로 DJP공조의 붕괴로 김대중 정부는 JP도 잃고 국민도 잃은 소수여당으로 전락했다"며 "처음부터 DJP야합이 아니라 국민과의 공조를 택하고 중산층과 서민을 위한 정치를 제대로 했다면 이같은 사태는 면할 수 있었을 것"이라고 지적했다.