민주노총 등은 이번 사태에 대해 언론사주 구속에 대해 일부 언론과 한나라당 등이 해프닝정도로 끝날 일을 어마어마한 사건으로 만들어 공격하고 이에 정부가 흔들려 대량 구속 등으로 사건을 처리하려는 것이라고 주장하며 구속자 석방을 요구했다.
민주노총은 성명서에서 "이번 사태를 방북자들에 대한 대량구속으로 매듭짓는다면 결국 보수언론과 한나라당 등 수구세력의 잣대로 통일문제를 처리하는 잘못"된 것이라며 "6.15 공동선언으로 그나마 숨통이 트인 남북화해 분위기에 찬물을 끼얹고 말 것"이라고 주장했다.
민족화해자주통일협의회(자통협)도 22일 강교수가 평양에서 서울로 출발하기 직전에 고려호텔에서 직접 작성한 '해명서'를 공개하고 해명에 나섰다.
강교수는 이 해명서에서 "일부 언론이 만경대 정신이라는 개념에 대한 확인도 없이 멋대로 왜곡, 과장하여 문제삼는 것은 올바른 가치가 아니"라며 "방명록에서의 만경대 정신은 결코 김주석 가문이나 주체사상을 찬양할 의사가 없었다"고 해명했다.
민주노동당도 23일 기자회견을 갖고 "이번 사태는 냉전수구세력들의 무차별적인 반북, 이적공세와 함께 원칙없고 정략적인 김대중 정부의 통일정책에 그 원인이 있다"면서 "연방제의 타당성 여부를 떠나 연방제를 포함한 통일방안의 가감 없는 전국민적 논의를 시작하자"고 제안했다.