교원노조법 제2조에서 정한 조합원 자격과 3조의 정치활동 금지 조항은 정부가 전교조를 옥죄는 데 사용하는 단골메뉴다. 교원노조법은 교원에게만 조합원 자격을 주면서 해고자는 교원이 아니라고 명시했다. 예비교사나 퇴직교사도 가입할 수 없다. 일체의 정치활동도 금지한다.
5조에서는 노조 전임자 지위와 관련해 ‘임용권자의 허가가 있는 경우’로 한정하고 있다. 교원노조에만 유일하게 적용되는 조항이다. 일반 기업체에 빗대 비교하자면 사용자의 허락을 받은 조합원만 노조간부를 할 수 있다는 뜻이다. 전교조는 “노조의 전임자 활동은 사용자와 대등한 관계 속에 유지되는 것이므로 허가사항이 될 수 없다”고 반박한다.
단체교섭 조항(6조)과 효력(7조)도 문제로 지적된다. 교원노조법은 6조에서 '노조 또는 조합원의 임금·근무조건·후생복지 등 경제적·사회적 지위 향상에 관한 것'으로 교섭 대상을 제한한다. 7조에서는 '법령·조례 및 예산에 의해 규정된 내용과 법령 또는 조례에 의해 위임을 받아 규정된 내용'은 단협 효력이 없다고 정했다.
이용기 전교조 정책실장은 “최근 판례에 따르면 해고자와 구직 중인 자의 조합원 자격 부여는 적법하다고 판시했다”며 "교원노조법이 조합원 범위를 협소하게 해석하고 있다"고 비판했다. 그는 “교원노조법으로 인해 2002년 이후 단체교섭을 체결하지 못하고 있다”며 “교원노조법은 노동자에게 원천적으로 주어진 노동 3권을 부인하는 조항으로 가득하다”고 말했다.