과기부는 출연연구기관 종합개선대책(안)으로 ▲출연연구소의 기능과 역할정립해 국가 혁신체제의 핵심축으로 위상회복▲출연연구소의 안정적 연구 전념을 하기위해 50%인건비 확보▲연구원의 인센티브지원과 복지제도 확충으로 대학생자녀 학자금융자제도,우수연구원 연구연가제도, 우수 연구성과 인센티브를 50%수준으로 확대, 기술자문에 의한 보상제도, 정책기획 평가에 연구원 참여확대 ▲연구원의 자긍심 저해요소 제거 등을 제시했다.
따라서 과기부는 5월31일까지 예산신청 반영하고, 국무조정실, 과기부, 3개 연합이사회 공동으로 실무작업반을 구성하여 기능정립반과 사기진작반으로 나눠 세부추진대책을 수립한다는 계획이다.
그리고 7월 실무작업반의 중간결과를 국가과학기술위에 보고하고 출연연구소 역활정립과 활성화방안을 확정할 예정이다.
이에 대해 전국과학기술노조(위원장 장순식)는 "이번 종합대책방안은 정부가 경영혁신과정에서 출연연구소 종사자들의 의견을 반영하지 않았다는 절차상의 잘못을 인정했다는 점에서 아주 이례적인 솔직한 고백"이라고 평가했으며, "나름대로 대책을 제시했다는 측면에서 환영할만한 일"이라고 밝혔다.
그러나 노조는 "정부의 일방적이고 획일적인 지침으로 뒤흔들어 놓고 상황수습이 어려워지자 사기진작책을 발표한 것"이라며, "이러한 발표이전에 획일적이고 불법적인 경영혁신지침을 지금이라도 당장중단하라"고 촉구했다.
또한 종합대책(안)에 대해서도 "연구기관 인건비 부족을 현행 35%에서 50%수준으로 올린다고 주장하나 50%인건비를 다른 데에서 벌어와야만 한다"며 "출연연구소의 공익적 연구사업을 위해서는 최소한 70%이상의 인건비 지원해야한다"고 주장했다.
또 노조는 "출연연구소의 연구활동 정상화를 위해서는 출연연연구소를 둘러싼 제도적 법률적 환경의 정비와 내부개혁을 이루기위해 노조와 기관경영진, 정부사이에 진지한 사전협의와 토론을 거칠 것"을 요구했다.
따라서 노조는"이번 종합대책은 상황수습용의 혐의가 짙다며, 사기진작책 수준의 대안이 아니라 출연연구소 정상화를 위한 본격적 정책대안이 필요하다"고 전제하고, "국가 혁신체제의 중요한 축을 이루는 출연연구소의의 연구활동 정상화를 위해 열린 자세로 각기관과 협의할 자세가 되어 있다"고 밝혔다.