기획예산처 담당자에 따르면 "65개기관 공공부문 경영혁신이 작년말 현재 90%이상 완료되 었으나 정부출연연구기관소속 18개기관이 진척이 없어 올 기관고유사업비를 유보했으나, 조찬회에서 과기부와 출연연구기관이 애로사항으로 예산유보에 대해 제고해줄 것을 건의해 검토한 결과, 경영혁신사항에 대해 미진한 부분은 6월말까지 관계자와 충분히 협의하여 진행시킨다는 조건으로 4월30일부로 예산유보에 대해 해제하기로 결정했다"고 밝혔다.
따라서 "예산유보됐던 18개 기관중 3개 기관이 중간에 해소됐고, 나머지 15개 기관 657억원의 예산배정은 국무조정실과 각부처 담당자가 지급할 것으로 보여진다며, 2-3일 후에 예산이 배정될 것으로 보인다"고 말했다.
반면 정부 혁신추진위원회(공동위원장 조창현 한양대부총장 등)가 각기관마다 경상비, 전산업무, 지원업무, 인력감축 기능이관 등 경영혁신에 대한 정부 산하기관 2001년도 자율혁신 계획을 5월3일 확정할 것으로 보여져 또 한차례 경영혁신과 관련 기관에 열풍이 휘몰아 칠 것으로 보인다.
전국과학기술노조(위원장 장순식)는 "예산유보해제가 되어 정상지급 되는 것은 환영할만한 일이나, 예산유보가 해제되더라도, 기획예산처의 불법예산유보 등 예산권남용에 대한 고소고발과 3자개입 등은 철회할 수 없다"는 입장을 피력했다.
또한 노조는 "이번 예산배정유보로 인한 연구활동중단 등의 피해에 대해 손해배상청구소송을 전개해 불법적인 예산유보를 근절하겠다"고 밝혔다.