민주노총은 정부에 항의서한을 통해 "검찰은 지난 99년 8월 연행 이후 이규재 통일위원장에 대한 조사를 종료하지 않은채 이번에도 '조사중'이라는 답변을 통일부에 보내 방북 불허를 유도하고 있다"며 "반통일악법인 국가보안법을 이용하여 민간차원의 자주교류와 연대협력을 가로막고 있는 반통일적 폭거를 당장 중단하라"고 촉구했다.
이어 민주노총은 이규재 부위원장의 방북을 또다시 막을 때는 행사에 참여하지 않겠다는 입장을 보이는 등 이규재 부위원장의 방북 허용에 대한 강경한 입장을 취하고 있다. 또한 한국노총도 민주노총과 뜻을 함께 하고 있어 이번에 어떤 결정이 내려질지 주목되고 있다.