원자력안전위는 지난 2011년 일본 후쿠시마 핵발전소 사고 이후 핵발전 산업을 감시·규제하기 위해 대통령 직속의 독립된 중앙행정기관으로 만들어졌다. 최근 인수위는 원자력안전위를 미래창조과학부 산하로 이관시키는 내용의 정부조직개편안을 마련했다. 이후 "원전 진흥과 규제를 한 배에 태우겠다는 것이냐"는 비판이 쏟아지자 원자력 진흥업무만 산업통상자원부로 옮기겠다고 밝혔다. 원자력안전위원장은 대통령이 직접 임명하도록 했다.
환경단체들은 "인수위의 조치들은 근본적 대책이 아니다"고 반발했다. 공동행동은 이날 기자회견에서 "고작 20여명의 공무원을 산업통상자원부로 옮긴다고 해도 원자력 기술개발과 진흥의 핵심을 맡고 있는 1천200명의 원자력연구원은 그대로 미래창조과학부에 남을 가능성이 크다"며 "이런 상황에서 원자력안전위 사무국 역할을 할 미래창조과학부 공무원들이 안전·규제에 신경을 쓴다는 보장이 없다"고 우려했다. 이어 "인수위 방침대로라면 원자력안전위원장은 장관급에서 차관급으로 격하돼 권한을 제대로 발휘하기 어려울 것"이라며 "권한과 예산에서 실질적 독립성을 주는 것이 중요하다"고 강조했다.
공동행동은 "원자력 안전을 중시한다는 박근혜 당선자가 원자력안전위 위상 격하를 들고나와 꼼수와 기형적 구조, 그리고 말뿐인 후속조치를 만들어 내고 있다"며 "원칙을 중시한다는 박 당선자의 정치철학에도 어긋난다"고 비판했다.