문 교육감은 그동안 곽 전 교육감이 추진했던 혁신학교·학생인권조례에 비판적인 입장을 보였다. 그가 학생인권조례에 대한 반대입장을 분명히 한 만큼 임기 초반 학생인권조례 조항 수정 등을 시도할 것으로 보인다. 하지만 조례의 제·개정권은 서울시의회가 가지고 있다. 학생인권조례를 둘러싸고 민주통합당 의원이 절반 이상인 서울시의회와의 마찰이 예상된다. 조남규 전교조 서울지부장 당선자는 "문용린 교육감이 학생인권조례를 손보겠다고 주장하는 것은 월권이나 다름없다"고 비판했다.
곽 교육감이 핵심적으로 추진했던 혁신학교도 기존에 지정된 61개 학교 외에 더 이상 확대는 어려울 것으로 보인다. 문 교육감은 선거 기간에 진행된 토론회에서 "현재 서울시내 61개 혁신학교를 유지·보완할 것이며 추가지정은 없을 것"이라고 밝힌 바 있다.
문 교육감의 핵심 공약인 '중학교 1학년 시험 폐지'는 박근혜 대통령 당선자와 크게 이견이 없어 시행에 어려움은 없을 듯하다. 그러나 한국교원단체총연합회가 중1 시험 폐지에 반대하는 게 변수다. 교총은 20일 논평을 통해 "중1 시험 폐지 공약을 재고해 달라"며 "공약 실현방안의 구체성이 부족하고, 학력저하와 또 다른 과외시장 확대 등 실효성에 대한 교육계의 우려가 크다"고 주장했다.