민주노총은 건강보험 수가가 인상되면 상대적으로 의료보호, 비급여부문(본인부담), 산재보험, 자동차 보험 수가 인상과 연동될 수밖에 없다는 주장이다. 99년 11월 9.0%, 지난해 4월 6.0%, 7월 9.2%, 9월 6.5%, 올해 1월 7.08% 등 5차례에 걸쳐 43.9%(복리) 의료수가를 정부가 인상해, 건강보험에서만 3조9,000억원의 부담을 국민에게 떠 넘겼다. 여기에 지난해 진료비 지급기준으로 △의료보호 8,300억원 △본인부담 1조5,800억원 △산재보험 6,100억원 △자동차보험 1조4,600억원 등 4조3,800억원의 추가부담이 발생해 의료보험료 인상에 따라 국민들이 총 8조3,800억원의 추가 부담을 진다는 계산이 나오게 된다. 결국 진료비는 진료비대로 늘고 본인부담 의료보험료도 그 만큼 또 늘어나는 등 노동자·서민들 허리만 휘어지게 만들었다는 주장이다.
이에 대해 민주노총은 "보건복지부는 부당한 수가인상이 보험재정을 악화시킬 것이라는 노동계의 요구를 무시하고 근거 없는 수가 인상을 강행했다"며 문제 해결을 위해서는 △의료계 자진 수가 인하 △병원·약국 '진료영수증 의무발급' 법제화 △건강보험공단에 부당·허위청구 방지 위한 실사권 부여 △관련자 책임 문책 등을 요구하고 있다. 특히 부당·허위청구 적발을 위해서는 현재 심사평가원이 갖는 심사권을 보험자인 공단이 관리하는 것이 맞다는 것이 양대노총, 시민사회단체들의 공통된 입장으로, 대대적인 개혁이 요구되고 있다.