문제는 신용사업과 경제사업을 담당하는 조직의 성격이다. 정부는 신경분리를 하면서 조직의 성격을 지주회사로 규정했다. 반면에 노동계나 농민단체는 국고보조금을 받을 수 있는 연합회 성격을 원하고 있다.
수익금이 출자자들에게 배당형식으로 돌아가는 금융지주회사를 설립하게 되면 론스타와 같은 대형자본에 잠식될 가능성이 높아진다. 수익성이 떨어지는 경제사업은 그만큼 소외될 수밖에 없다. 지난 4일 국회 농림수산식품위원회를 통과한 농협법 개정안에 따르면 경제사업 활성화를 위해 농협중앙회의 자체자본금 12조원 가운데 30％를 경제사업에 배분하기로 했다. 추후 자본이 더 필요할 경우 신용사업에 앞서 우선적으로 배분하도록 했다. 경제지주회사의 공익성을 높이기 위해 "경제사업은 회원 및 농민의 이익에 기여해야 한다"는 조항도 포함됐다.
하지만 지주회사의 본질은 수익성 추구다. 금융노조 농협중앙회지부 관계자는 “결국은 농민들에게 돌아가야할 돈이 출자자들에게 돌아갈 것”이라며 “공익성을 높인다는 조항을 삽입한 것도 말장난에 불과하다”고 비판했다. 노동계는 인력 구조조정도 우려하고 있다. 농협중앙회 직원들이 지주회사 소속으로 바뀌면서 다른 금융지주 직원처럼 상시적 구조조정 대상이 될 수 있다는 것이다. 단위농협의 경우 농협중앙회에 대한 출자능력이 한계에 다다르면 통폐합 대상이 될 수도 있다.